以前は鉛筆ツールで律儀に囲んで塗りつぶしツールでサクサク塗っていましたが、自動選択ツールの「選択する色の範囲」を上手く調節すると、短時間で塗れます。

まず塗りたい色を選び、その色を塗りたい場所を、シフトキーを押しながら、ドンドン選んで行きます。
例えば肌色を塗る場合は、こんな感じに。

そしてメニューバーの「選択範囲」から「選択範囲を変更」「拡張」で2ピクセル拡張します。
その後新規レイヤーを敷いて、メニューバー「編集」「塗りつぶし（描画色）」

これで、同じ色のパーツが塗れました。
この一連の作業はアクションパレットに登録しておくと便利です。
使うときは、アクションオプションで、ボタンモードにチェックします（右）

そうして全部の色が塗れたら、塗り残しやはみ出しがないか確認し、修正します。

一番下に濃い色で塗りつぶした新しいレイヤーを敷くと（濃い緑が目が疲れなくて良い）、塗り残しが見えやすくなるので、きちんと修正します。
修正が済んだら濃い色で塗ったレイヤーは捨ててしまいます。

さらに、既出のようにペインターの水彩では、背景レイヤーにしか色を置けないので、新しく背景レイヤーを作り、ソレを選択した状態で、線画以外のレイヤーを全てまとめて背景レイヤーとして、結合します。
この時、「画像を統合」ではなく「表示部分を結合」を実行するようにします。

これが、下塗りが全て終わったところです。

尚、この色は光と陰のバランスで云うと、完成時に一番明るい色になりますので、なるべく淡い色で塗りました。

それにはチャンネルを使います。
便利なんだけど、何枚も作るとレイヤーと同じで作業が重くなったり管理が大変なので、隣接してないパーツや、似たパーツは１つのチャンネルにまとめてしまいます。

さっき出来上がった背景レイヤーから自動選択ツールで「髪の毛」なら髪のパーツをシフトを押しながらポンポン選択します。

そして「選択範囲」「選択範囲を保存」で名前を付けて保存します。
いろんなパーツをまとめたときは「服・アクセ・靴」などとそのパーツの名前全て入力しておくと、後の作業が楽です。

尚、この選択範囲を使って、色を塗り終わった後でもそのパーツだけ色を変える事が出来るので、後から色を変える可能性の有るパーツは、単独でチャンネルを作った方がいいです。
（印刷所に入稿する場合は入稿後基本的にアルファチャンネルは破棄しなければなりません）